Durch die Nachforschung des Architekturbüros Wieser in den alten Bauunterlagen der Kirche Schlatt a. R., wurde festgestellt, dass entgegen der Auffassung des Putzrestaurators der historische Wand- und Deckenputz im Jahre 1965 vom Gipsermeister Franz Maier abgeschlagen und neu aufgezogen wurde. Auch die Stuckaturen stammen aus diesem Jahr. Dies dokumentieren die Rechnungen vom 31.03.1965 und vom 30.06.1965.
Durch die starke Verschmutzung der gesamten Wand- und Deckenfläche, sowie der Stuckaturen wurde eine Trockenreinigung und teilweise eine Feuchtreinigung für die nachfolgenden Arbeiten erforderlich. Im Kirchenschiff Richtung Chor, zeigten sich leichte Risse an der Schilfrohrdecke und an der Deckenhohlkehle, die systembedingt waren, aber keine statische Ursache hatten. Durch entsprechende Mörtelinjektionen an den gelösten Putz- und Stuckprofile wurde dem entgegengewirkt. Stärkere statisch bedingte Risse traten an den unteren Ecken der Fenster, im Scheitelpunkt der Fensterstürze und am Chorbogen auf. Durch Verpressen der Mauerwerksrisse mit Trasskalkmörtel wurde diese geschlossen.
Zur Bestimmung der neuen Wand- und Deckenfassung wurde ein Farbkonzept ausgearbeitet und als Musterachse bemustert. Dabei musste zwischen der vorhandenen klassizistischen Graufassung und einer Barockisierung passend zu den Altären entschieden werden.
Das Kirchengestühl, um 1911 von der Schreinerei Brachat aus Ebringen gefertigt, wurde ausgebaut um schadhafte Stellen zu reparieren und die Oberfläche neu zu versiegeln. Der Gestühlsboden wurde abgeschliffen und neu versiegelt, im Zuge dieser Maßnahme wurden die Gestühlsblöcke im Bereich der Seitenaltäre und des Taufsteins gekürzt. Die aufbereiteten Gestühle wurden in einem etwas größeren Abstand wieder eingebaut. Durch diese Maßnahmen entfielen 4 Gestühlsreihen, die eingelagert wurden.
Die Sakristeitür, der Windfang und der Beichtstuhl, sowie die Treppen der Empore und des Dachbodens wurden ebenfalls geschliffen, verkittet und mit Halböl eingelassen und farblos gewachst. Die Haupteingangstüre, welche aus der Erbauung der Kirche stammt, wurde wurmbehandelt und restauriert. Die maroden Oberflächenlacke wuden beschliffen, verkittet, mit Öllasuren anlasiert bzw. anretuschiert.
Die in den 1960er Jahren gefertigte Fensterverglasung wurde aus nicht ersichtlichen Gründen außen mit einer Bleiverglasung und innen mit einer Einscheiben-Schutzverglasung versehen. Diese Bauweise ist sowohl vom Witterungsschutz, als auch aus optischen Gründen seltsam. Aus diesem Grund wurden die Fenster beidseitig ausgeglast und sofern notwendig repariert. Die Fensterrahmen wurden im eingebauten Zustand entrostet, grundiert und 2x lackiert. Anschließend wurde die Bleiverglasung innen und die Schutzverglasung außen angebracht. Zusätzlich wurden Kondenswasser-Rinnen auf den Fensterbänken vorgesehen um anfallendes Tropfwasser nach außen abzuführen.
Der Fliesenbelag im Mittelgang des Kirchenschiffs wurde durch eine Belagsreinigung und Fugenausbesserung aufbereitet. Das Altarpodest im Chor aus Jura-Marmor wurde ausgebaut und der Bereich mit neuen Natursteinplatten ausgelegt, um künftig eine ebene Fläche im Chorraum zu erhalten. Das Ambopodest aus Spanplatten wurde entfernt und durch ein Podest aus Jura-Marmor ersetzt. Im Bereich der Seitenaltäre und im Eingangsbereich wurde der stark beschädigte Bodenbelag aus Naturstein komplett ausgebaut und durch einen neuen ersetzt. Der fehlende Bodenbelag im Bereich der Kürzung des Gestühlsbodens wurde im gleichen Naturstein geschlossen.
Im Rahmen des Energiegutachtens wurden zwei Varianten zur künftigen Beheizung untersucht. Das Gutachten empfahl die Erneuerung der Elektroheizung, da der Anschluss an das Nahwärmenetz und die Umrüstung auf Warmwasserbeheizung aufgrund der erheblichen Installationskosten und den verhältnismäßig geringen Verbrauch nicht wirtschaftlich darstellbar war. Die gesamte Elektroheizung der Kirche wurde aus altersbedingten und energetischen Gründen ausgebaut und erneuert.
Die veraltete und nicht mehr dem Sicherheitsstandart entsprechende Elektroinstallation wurde im Schiff und Chor komplett erneuert. Die Beleuchtung der gesamten Kirche wurde, auf Basis eines neuen Beleuchtungskonzepts, ebenfalls erneuert. Die bestehende Beschallungsanlage wurde mit zusätzlichen Lautsprechern im Schiff und auf der Empore erweitert.
Zum Inventar der Kirche zählen 3 Altäre mit Zierwerk und Altargemälden, 9 Figuren, 2 große und ein kleines Kruzifix, 14 Kreuzwegstationen, ein Gemälde, verschiedene Leuchter, Fahnenstangen und Vortragekreuze. Die Oberfläche der Altäre wurde gereinigt, auf Schädlingsbefall kontrolliert und teilweise bekämpft. Die gelockerten Fassungspartikel wurden wieder mit dem Träger verfestigt. Tiefe Ausbrüche, welche größtenteils im Sockelbereich auftraten, wurden mit Kitt aufgefüllt und retuschiert. Abschließend wurde ein Firnis aufgetragen um die verschiedenen Glanzgrade auszugleichen.
Die Gemälderahmen, Figuren, Fahnenstangen, Vortragekreuze und Leuchter wurden in gleicher Art und Weise aufbereitet wie die Altäre.
Die Ölgemälde der Altäre wurden für die Restaurierung aus ihren Zierrahmen entfernt und gereinigt. Die Leinwandverwerfungen und Beulen wurden planiert, zusätzlich wurde bei den Gemälden der Seitenaltäre die Firnis entfernt. Die abgelösten Malschichtschollen und Blasen wurden niedergelegt und teilweise retuschiert.
Die Orgel (op. 45) der Fa. Schwarz Überlingen aus den Jahren 1887/88 ist bis auf die Prospektpfeifen im Original erhalten. Am Gehäuse waren Risse und ein Holzwurmbefall sichtbar, an verschiedenen Holzteilen ein leichter Schimmelbefall. Die Pfeifen im Innern waren durch Stimmarbeiten im Mündungsbereich stark verformt. Im Rahmen der Innenrenovation wurde die Orgel gesichert, die Pfeifen ausgehoben und eine Schädlingsbekämpfung durchgeführt. Sämtliche undichte windführenden Teile wurden abgedichtet, beschädigte Metallpfeifen repariert , Risse an Holzpfeifen verleimt und die Klaviaturen überarbeitet. Die Fassung des Gehäuses wurde erneuert.